Berpikir kritis merupakan salah satu kompetensi abad ke-21 yang harus dimiliki oleh peserta didik. SMA Muhammadiyah Bantul menyediakan berbagai fasilitas penunjang kegiatan belajar dalam upaya memenuhi kompetensi abad-21, diantaranya tersedianya Laboratorium Biologi. Laboratorium biologi merupakan sumber belajar bagi peserta didik yang penting dalam membangun pengetahuan melalui kegiatan langsung (hands-on).
Efektivitas pembelajaran biologi tercipta melalui kegiatan laboratorium seperti praktikum, eksplorasi, eksperimen sederhana dan kegiatan lainnya. Melalui kegiatan belajar di laboratorium biologi ini, peserta didik secara nyata dapat mengkonstruksi pemahaman sains yang abstrak. Sesuai dengan karakteristik peserta didik usia SMA, yakni fase operasional formal-Jean Piaget yang mampu merumuskan hipotesis dan melakukan pengujian secara sistematis dalam memecahkan permasalahan.
Kegiatan pembelajaran biologi di laboratorium juga menjadi kegiatan belajar berdiferensiasi yang memfasilitasi berbagai tahap perkembangan aspek kognitif dan non kognitif. Di bawah bimbingan guru biologi SMA Muhammadiyah Bantul Poppy Indriani, S.Pd., dan R.R.Risang Ayu Dewayani Putri, S.Pd., M.Sc. , peserta didik Muhiba dapat terus berkembang mengikuti perkembangan sains biologi, yang tentunya akan bermanfaat untuk jenjang Pendidikan selanjutnya. Fasilitas di laboratorium biologi lengkap dengan berbagai alat yang menunjang kegiatan eksperiemen, seperti adanya mikroskop binokuler bertenaga listrik yang mampu digunakan dalam mengamati ukuran mikroskopis dengan jelas. Diharapkan kegiatan belajar di laboratorium biologi dapat membentuk jiwa saintis generasi muda.