Serunya belajar kimia dirasakan oleh peserta didik di Muhiba dengan adanya fasilitas laboratorium kimia yang nyaman dan lengkap. Berbagai kegiatan pengamatan, dan eksperimen kimia yang dilakukan dapat meningkatkan pengembangan ranah psikomotorik dan penguatan kognitif. Eksperimen kimia memberikan pengalaman secara nyata yang menjadi dasar peserta didik dalam melakukan kontekstualisasi dan konstruksi pemahaman abstrak sains kimia.
Usia SMA selain merupakan usia yang mampu mengkonstruksi pemahaman abstrak, usia ini juga merupakan usia psikososial tahap identitas versi kebingungan, menurut Erik Erikson. Dalam mengoptimalkan fase psikososial ini, laboratorium dapat berfungsi dalam meningkatkan fidelity (akurasi) pada setiap keputusan yang diterima dalam proses pemecahan masalah, yang dapat diasah salah satunya melalui kegiatan eksperiemen kimia karena penuh dengan keakuratan proses dan data kimia.
Laboratorium kimia Muhiba memiliki alat dan bahan yang lengkap dan sesuai untuk standar laboratorium kimia dasar tingkat SMA, mulai dari peralatan gelas beaker, tabung reaksi, dan lainnya. Peserta didik dapat melakukan berbagai pengujian reaksi kimia sesuai dengan kompetensi pada capaian pembelajaran kimia. Di bawah bimbingan guru kimia SMA Muhammadiyah Bantul, Chaerunissa, S,Pd., kegiatan di laboratorium kimia dapat meningkatkan motivasi belajar dan output proses pembelajaran. Besar harapan, Muhiba dapat membentuk jiwa saintis pada generasi muda.